十三世纪初，蒙古族领袖成吉思汗在中国北部建立蒙古汗国。1247年，西藏萨迦派高僧班智达·贡嘎坚赞同蒙古汗国皇子阔端在凉州（今甘肃省武威市）议定了西藏诸部归顺蒙古汗国和接受所规定的地方行政制度的内容；萨迦地方政权建立。1271年，蒙古汗政权定国号为元， 并于1279年统一全国，建立了统一的中央政权，西藏遂成为元朝中央政府直接治理下的一个行政区域。

　　鉴于西藏地方的历史传统、社会状况、自然地理条件、民族和宗教信仰等诸方面的特点，对于西藏的行政管理，元朝采取了以下不同于10行省的特殊政策和措施。

　　第一，公元1270年，元世祖忽必烈敕封西藏的宗教首领、萨迦派僧人八思巴为帝师，是中国历史上首次设立的最高僧官职务，以后即成定制，帝师一职也就成为由皇帝直接任命的中央政府高级官员，统领全国佛教，兼管西藏地方事务。

　　第二，元朝建国之初，设置释教总制院（公元1288年改称宣政院），专管西藏地方军政事务和全国佛教事务。宣政院使（主管官员）一般由丞相兼任，副使由帝师举荐的僧人担任。这是中国历史上第一次设立的专管西藏事务的中央机构。

　　第三，区划西藏地方的行政区域，设置各级官吏，总其成于帝师。